在生态体系建设方面，意见提出，支持福建省加快生态省建设，加强战略研究和规划决策指导，加快完善法律和政策，开展海峡西岸近岸海域环境综合整治对策研究，将闽江、九龙江流域上下游治理补助机制列为国家生态补偿试点示范项目，推动龙岩、汕头、潮州3市建立汀江（韩江）流域治理补助机制。在基础设施建设和产业结构调整方面，合理确定产业布局，在优化结构、提高效益、降低消耗、保护环境的基础上，适度发展重化工业。支持开展进口废五金电器、废电线电缆和废电机集中加工、利用、处置区试点建设，建设科学合理的能源资源利用体系，提高能源资源利用效率。

    意见对支持环境管理体系建设、环境安全保障基础能力建设提出了具体意见。“十一五”期间，在二氧化硫、化学需氧量排放总量按国家规定完成减排任务的前提下，可以将关闭的自备电厂等小规模发电机组的二氧化硫总量指标与该地区的非电力行业二氧化硫总量指标之间调剂使用。支持福建省开展环境容量研究等项目，并纳入国家科研项目库，在项目安排方面择优支持；在安排中央环境保护专项、环境监察执法能力建设专项、集约化畜禽养殖污染防治专项和减排专项资金时，将福建省按照中部省份对待纳入申报范围，在补助比例上予以倾斜。加强对我省环保人才的培训，加大对福建省环境监测站的标准化和重点实验室建设的支持力度，建立“海峡西岸近岸海域环境监测站”，对符合条件的研究机构确定为国家级重点实验室。

    意见提出加强对台环保交流与合作。增强对台招商和交流的环境优势，开展生态工业园区、环境友好企业、生态农业园区、有机食品基地等创建活动，引进台湾环保资金、先进环保技术与管理经验，对台资、台商在闽的环保合作项目等，在符合相关法律和规定前提下，享受同等待遇。